规划显示，全球气候变化以及一些地区不合理开发活动，导致部分重要生态功能区森林破坏、湿地萎缩，河湖干涸，水土流失、荒漠化和草原退化严重，部分区域生态功能仍在退化。目前，全国水土流失面积达356万平方公里，年均土壤侵蚀量高达45亿吨。
此前，2010年颁布的《全国主体功能区规划》中划定了重点生态功能区，其总面积为52.7%。
此次，在产业政策方面，规划披露，在西部和北方水资源短缺地区，加强限制高耗水产业发展。加强水电开发规划、建设和管理过程中的生态环境监管。以稀土、煤炭等为突破口强化矿产资源开发生态保护执法检查与评估，严格控制破坏生态系统的开发建设活动。
作为配套，环保部要求，加大对国家重点生态功能区财政转移支付力度，扩大覆盖范围，提高转移支付资金用于生态环境保护的比例。
一位参与国家重点生态功能区名录制定工作的环保部专家告诉记者，水源涵养区和水源补给区要严格限制高耗水与水污染负荷重的产业发展，防风固沙区要限制大范围农业开发和高耗水项目，洪水调蓄区要限制大量占用湿地和土地资源的项目，水土保持区要限制大量扰动地表的农业开发项目。
为了回馈重点生态功能区在产业发展上的“让步”，该专家建议，按照“谁受益，谁付费”原则，国家和受益区域通过加强财政转移支付、项目建设、人口转移、物质和技术投入以及直接资金补助等方式，建立对重要生态功能区的生态补偿机制。
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